المستخلص تمثلت مشكلة الدراسة في أن الضريبة علي القيمة المضافة في السودان لم تهتم بالرقابة الداخلية التى ينتج عنها اثار سلبية تؤثر على التجارة الإلكترونية التى يعتمد عليها فى اتخاذ القرارات والمستخدمين، ويمكن إعادة صياغة هذه المشكلة من خلال التساؤل التالي: هل يوجد قصور في تشريعات الضريبة علي القيمة المضافة في معالجة نشاطات التجارة الإلكترونية ؟.هدفت الدراسة إلي التوصل لتطبيق نظام الضريبة على القيمة المضافة وأثرها علي التجارة الإلكترونية أستخدمت الدراسة المنهج الوصفى التحليلى. توصلت الدراسة الى نتائج منها الأساليب والنظم المستخدمة في إدارة الضرائب لا تتواءم مع التطورات في علم التجارة الإلكترونية، عدم الوضوح في المبدأ الضريبي الواجب التطبيق على التجارة الإلكترونية. أوصت الدراسة بضرورة إلمام القائمين على أمر الضرائب بالأنظمة الضريبية للدول الأخرى لزيادة كفأتهم الضريبية، ضرورة وجود شبكات تربط إدارة الضرائب بالشركات المتعاملة بالتجارة الإلكترونية لتسهيل عمليات فرض ضريبة القيمة المضافة عليها.