جاء قرار إدارة جامعه النيلين (قرار إدارى رقم 72 لسنة 2011م) بإنشاء إدراة مختصة بالجودة استجابةً لموجهات وزارة التعليم العالى والبحث العلمي ممثلةً فى الهيئة العليا للتقويم والاعتماد، وانطلاقاً من وعي الجامعة بأهمية التطوير المستمر للأداء على أساس آليات تقويم تتضمن منظومة من المواصفات والمعايير يفضي الإلتزام بها إلى ضبط الأداء الإدراي والمالي والأكاديمي ومن ثم تطوير مدخلات ومخرجات العملية التعليمية.
الدكتور عارف الحاج عيدروس مدير إدارة الجودة قال: إنَّ رؤية الإدارة ترمي إلى تبنى وتطبيق نظم وإستراتيجيات الجودة بمؤسسات التعليم العالى والبحث العلمي على أنشطة التقويم والإعتماد الأكاديمي بما يحقق مخرجات مواكبة للمستوى العالمي وقادرة على التعامل مع تحديات العصر ومنها التطورات المعرفية والمعلوماتية والتغييرات الإقتصادية والاجتماعية وقضايا التنمية المستدامة.. ذلك مع مراعاة الموازنة بين الاصالة والحداثة.. وأضاف "من الضروري أن تستوعب هذه الرؤية التوسع المطرد بالجامعة".
وعن مهام الإدارة قال دكتور عيدروس إن إدارة الجودة معنية بوضع استراتيجية عامَّة لتطبيق الجودة والحث على تنفيذ السياسات العامة ووضع قواعد التطوير الشامل بالجامعة، وهذا يتضمن – ضمن مهام أخرى - القيام بالدراسات وعقد المؤتمرات والندوات واللقاءات وورش العمل بالتعاون مع المؤسسات المحلية والاقليمية والعالمية المتميزة فى تطبيق الجودة والاعتماد الأكاديمي؛ وفي هذا الإطار إستضاف مجلس العمداء في إجتماعه بتاريخ 30 أكتوبر 2011م بروفيسور قرشي محمد علي عميد الكلية الوطنية الحائزة على شهادة الـ (ISO) الذي قدم تنويراً شاملاً عن نظم الجودة في التعليم العالي وأهميتها وطرائق التحكم فيها، وعزى بروفيسور قرشي الخلل من منظور الجودة الشاملة إلى عدم وجود معايير واضحة ومفعلة في التعليم العالي بالسودان.
وأفاد د. عيدروس إنَّ إدارة الجودة ستعمل على تقديم الدعم والمشورة لدوائر الجامعة الإدارية والأكاديمية والخدمية فى كل ما يتعلق بقضايا الجودة كما ستقترح تشكيل اللجان ذات الصلة وتتابع أعمال تلك اللجان لتحقيق أهداف منها بناء خبرات متميزة فى الجودة والتقويم والاعتماد الأكاديمى ونشر ثقافة الجودة بما يفضي إلى رفع تصنيف الجامعة أكاديمياً ومهنياً من خلال ومتابعة معايير ومؤشرات الأداء الأكاديمى والإدارى والتعرف على توقعات ومتطلبات ومستوى الرضاء من الأداء وايصال ذلك إلى الجهات ذات الصلة.. وأضاف دكتور عيدروس إن إدارة الجودة ستعمل على وضع جوائز للإبداع والتميز فى الأداء كما ستدرس وتبدي الرأي فى كل ما يحال إليها من مكاتبات أو دراسات ذات علاقة بالمهام والأهداف.