ازداد في الآونة الأخيرة الانتاج البحثي المُحَكَّم بجامعة النيلين إذ تمَّ مؤخراً نشر 14 ورقة في دوريتي جامعة النيلين "دراسات حوض النيل" و"آداب"؛ كما تَمَّ نشر 20 ورقة في دوريات سودانية محكَّمة، هذا بجانب 6 أوراق تم نشرها في دوريات عالمية منها الدورية العالمية للأحياء الدقيقة International Journal of Microbiology؛ وهناك 45 ورقة قدمت في المؤتمر الثالث للدراسات العليا المنعقد في الفترة من 19 إلى 20 نوفمبر 2011م. وهذه الزيادة الملحوظة في الانتاج البحثي مؤشر إيجابي لمردودات اعتماد وتطبيق النشر في الدوريات المحكَّمة كشرط من شروط إجازة درجة الدكتوراة بالجامعة.