اصدرت إدارة جامعه النيلين في العام الماضي قرارا بانشاء ادارة مختصة بالجودة لتكون ضمن ادارات الجامعة المختلفة لأدراكها أن نظم وإستراتيجيات وتقنيات الجودة تعتبر أحد أهم الآليات التى تتبعها وزارة التعليم العالى والبحث العلمى ، كما هو الحال فى معظم دول العالم وذلك سعيا من اجل تجاوز التحديات التى تواجهها فى هذا العصر لا سيما التغيرات المعرفية والمعلوماتية والتغيير الإقتصادى والمسألة الاجتماعية في ظل المناقشات الجادة عن جدوى برامج التعليم العالى ودورها فى تحقيق التنمية وقدرتها على تزويد المجتمع بالكفاءات المؤهلة والمدربة والتى ينبغى ان تجد لها موقعا فى أسواق العمل.
اذ ان مفهوم الجودة فى التعليم العالى يعنى التطوير المستمر والأداء الكفء لمؤسسات التعليم العالى لكسب ثقه المجتمع فى خريجيها على أساس آليه تقييم معترف بها عالميا. وتتضمن هذه العمليه تطبيق مجموعة من المواصفات والمعايير التى يهدف تنفيذها الى التحسين المستمر فى مدخلات ومخرجات العمليه التعليمية.
إنطلاقا من هذا الوعى وتنفيذا لموجهات وزارة التعليم العالى و البحث العلمى ممثلة فى الهيئة العليا للتقويم والاعتماد تم إنشاء إدارة الجودة بجامعه النيلين بموجب القرار الإدارى رقم 72 لسنة 2011م لتكون الإدارة هى النواة الأولى لجدية الجامعه وإهتمامها بالجودة وتحقيقها فى كافة الكليات والاقسام الاكاديمية والادارية والتأكد ان جميع البرامج والأنشطة والأعمال الأكاديمية والإدارية تسير بشكل صحيح وسليم وفى الإتجاه المخطط لها وذلك من اجل التحسين المستمر للجودة فى جميع وحدات الجامعة الأكاديمية والإدارية من خلال تطبيق أنظمة الجودة الحديثة لتعميم رسالة الجامعة وتحقيق أهدافها الإستراتيجية.
وشرعت الادارة في تحقيق اهدافها قصيرة المدى باقامة عدد من الدورات الاكاديمية البحثية والادراية في لاعضاء هيئة التدريس وعدد من القيادات الادراية والموظفين .