كانت جامعة النيلين من اكثر مؤسسات الدولة دعما لمجهودات تحرير مدينة هجليج بعد الإعتداء الغاشم من دولة جنوب السودان عليها حيث خف المئات من مجاهدي الجامعة إلى المشاركة فى عمليات ومعارك التحرير وقدمت الجامعة خيرة شبابها وأعز أبنائها من أمثال الشهيد علاء الدين حسن زايد أمير المجاهدين السابق بالجامعة وأعداداً من الجرحى والمصابين.
وفي إطار عمليات الدعم والمؤازرة سجلت اللجنة العليا للإستنفار بالجامعة زيارةً للجرحى والمصابين بالسلاح الطبي برئاسة بروفيسور أحمد الطيِّب مُحَمَّد مدير الجامعة وبقية أعضاء الوفد المكون من بروفيسور أسامة مُحَمَّد عثمان وكيل الجامعة والدكتور الطاهر الفادني عميد الطلاب وبروفيسور مُحَمَّد الفاتح أحمد عمر عميد كلية الصيدلة وبروفيسور عماد فضل المولى عميد كلية المختبرات الطبية والدكتور أمين بابكر جار النبي عميد كلية الهندسة والدكتور مُحَمَّد إسماعيل علي عميد كلية التجارة والدكتور مزمل الشريف عميد كلية الآداب والدكتور أنس الطيِّب الحسين مدير إدارة شؤون الجهاد بالجامعة والدكتور مُحَمَّد بحر مُحَمَّد حسن نائب رئيس نقابة العاملين بالجامعة والدكتور علي جمعة الأمين العام لجمعية القرآن الكريم والدكتورة وفاء عبد الوهاب التازي الأمين العام لرابطة المرأة العاملة بالجامعة والأستاذ عاطف رجب مدير إدارة الخدمات بالجامعة والأستاذ أنس آدم عثمان منسق الدفاع الشعبى بالجامعة وعدد من منسوبي الجامعة بكافة شرائحهم.
و في دعم المجهود الحربي سيرت الجامعة موكبا يحمل زاد المجاهد الذي اعدته الجامعة تبرعا من اسرة العاملين بوفد ترأسه مدير الجامعة البروفيسور احمد الطيب محمد ووكيل الجامعة البرفيسور اسامة محمد عثمان وعدد من العمداء ومدراء الادارات ومجاهدي الجامعة مدير الجامعة خاطب احتفال منسقية الدفاع الشعبي قال ان تقديم الجامعة من زاد المجاهد يعتبر حلقة من حلقات دعم المجهود الحربي مشيرا الى ان مجاهدي الجامعة كانوا اول المباردين الى هيعة هجليج ونال بعضهم شرف الشهادة .. وسجلت ادارة الجامعة زيارة الى المجاهدين في معسكر معسكر القطينة بولاية النيل الابيض .
وفي ختام برنامج جامعة النيلين شهدت كلية المختبرات فعالية التبرع بالدعم لجرحى ومصابي العمليات وشرف الاجتماع مدير الجامعة ووكيلها الذي خاطب الاحتفال و حيا المجاهدين مؤكدا ان جامعة النيلين تقف صفا واحدا من أجل حماية الدين والوطن صفحة اغسطس .