ارتفعت جامعة النيلين بتصنيفها الي المرتبة الثالثة علي مستوي الجامعات السودانية للعام 2012 تبعاً لتصنيف العالمي (webometrics) Ranking Web of Univerities وهو التصنيف العالمي المعتمد لكل الجامعات في العالم الذي يصدر من أسبانيا , وقد أوضح د. مجذوب كمال الدين عمر مدير إدارة تقانة المعلومات والإتصالات بالجامعة انه بفضل الله سبحانه وتعالي ثم الإدارة العليا بالجامعة ومجهودات إدارة تقانة المعلومات والإتصالات قد قفزت الجامعة في التصنيف العالمي 6022 مركز من المرتبة رقم 14466 في العالم للعام 2011 الي المرتبة رقم 8444 للعام 2012 علي مستوي العالم ، وعلي مستوي الجامعات الإفريقية من المرتبة رقم 346 الي المرتبة رقم 151 ، ومن المرتبة رقم 410 الي المرتبة رقم 172 علي صعيد الجامعات الدول العربية ، اما علي صعيد الجامعات في دول شمال افريقيا من المركز رقم 161 الي المركز رقم 68 , وأضاف أن من أهم أهداف الخطة الإستراتيجية لإدارة تقانة المعلومات والإتصالات للعام القادم الوصول الي مراكز متقدمة في التصنيف العالمي للجامعات في العالم وهذا الهدف سيتحقق إن شاء الله بمضاعفة المجهود من قبل الإدارة أولاً ومن ثم بمجهودات كل المنتسبين الي الجامعة ، مفيداً ان هذا التصنيف يصدر مرتان خلال العام حيث تجمع المعلومات عن الجامعات بداية كل عام في شهر يناير ويصدر التصنيف النهائي بداية شهر فبراير والمرة الثانية خلال شهر يوليو من كل عام والذي يعتمد في الاساس علي المواقع الإلكترونية لهذه الجامعات .
وللمزيد من المعلومات الرجوع الى الرابط التالي: http://www.webometrics.info/en/aw/Sudan