بتوقيع الجامعة ممثلة في كلية الطب والعلوم الصحية اتفاقية مع وزارة الصحة ولاية الخرطوم قبل اقل من العام آل مستشفى بشائر بمنطقة مايو جنوبي الخرطوم الى كلية الطب والعلوم الصحية جامعة النيلين للتتغير بعدها الاوضاع بصورة جزرية بعد ان كان المستشفى يعمل بأقل من الحد الأدنى اذ لم يكن هناك نزلاء بالعنابر ولم يكن هناك مرضى يأتون الى قسم الحوادث بالمستشفى وحتى الحالات القليلة التي كانت تحضر يتم تحويلها مباشرة الى مستشفى الخرطوم .
وبعد تسلم الكلية لادارة المستشفى وحلحلة كل الاشكاليات الادراية واللوجستية بالتعاون بين ادارة الجامعة ووزارة الصحة ولاية الخرطوم بدأت اعداد المرضى الذين يفدون اليه طلبا للعلاج في التصاعد شيئا فشيئا وتحرك العمل في وحدات الجراحة الاربعة ووحدات النساء والتوليد الستة وجميع وحدات الاطفال والباطنية بصورة مطردة وبدأ اجراء العمليات الصغيرة والمتوسطة بشكل مستمر .
ويقوم اساتذة الكلية في تخصصاتهم المختلفة بالعمل بالمستشفى التي اصبحت مركزا لتدريب طلاب العلوم الطبية بكليات الجامعة . واشار عميد كلية الطب والعلوم الصحية بروفيسور عماد فضل المولى الى خطط مستقبلية بدأ العمل في تنفيذها ضمن مساعي تطوير المستشفى منها اضافة العديد من التخصصات الدقيقة المتوفرة بالجامعة ووحدات للمناظير والمسالك البولية وتأسيس وحدة للعناية المكثفة بعدد ثمانية اسرة .
بينما اشارت الدكتورة مها جاد الله المدير العام للمستشفى الى انهم اصبحوا يقومون بتغطية مناطق واسعة من احياء جنوب الخرطوم بل ان الاحصاءات أكدت ان المستشفى يستقبل مرضى من نواحي البطانة ومن ولايات النيل الابيض والجزيرة والقضارف وكسلا .
ومن جانبه قال الدكتور السماني وداعة محمد الامين رئيس قسم الجراحة بالمسشتفى ان القسم قد تطور عن الفترة السابقة بنسبة تصل الى 95% وانهم يجرون يوميا عددا كبيرا من العمليات الجراحية المختلفة مؤكدا عدم وجود اي مشاكل في الفحوصات عبر الاشعة المقطعية والرنين المغنطيسي