أصدر البروفيسور خميس كجو كندة وزير التعليم العالي والبحث العلمي القرار رقم 58 لسنة 2013م الذي قضى بترفيع مدارس الطب وطب الأسنان والعلاج الطبيعي والتمريض الى كليات وذلك بعد الاطلاع على توصية اللجنة المختصة بالوزارة  ، من جانبها وضعت إدارة الجامعة القرار موضع التنفيذ عبر لجنة برئاسة البروفيسور علي عبدالله النعيم نائب مدير الجامعة    ومن جانبه اصدر مدير الجامعة قرارا بتكليف كل من البروفيسور عماد محمد فضل المولى عميدا لكلية الطب ود. وفاء محمد عبد الوهاب التازي  عميدا لكلية طب الاسنان ود. محمد الطيب اسماعيل علي عميدا كلية العلاج الطبيعي ود. عفاف عبد الله ادم عميدا لكلية التمريض وبقرار السيد الوزير يصبح عدد كليات جامعة النيلين الطبية ستة بعد إضاقة كليتي علوم المختبرات والصيدلة .