أنشئ القسم في عام 2005 ، صمم المنهج مع التركيز بشكل أساسي على علم المواد الطبيعية النشطة بيولوجيا الموجودة في النباتات والحيوانات والكائنات البحرية والمعادن. تساعد هذه الدراسة التي تخص علم العقاقير على فهم طبيعة المواد ، واستخراجها ، وتنقيتها ، وتوحيد المقاييس المستخدمة في صناعتها ، وكذلك لمعرفة الادوية العشبية المغشوشة.
يقدم قسم العقاقير مقررات في العقاقير كجزء من برنامج تعليمي مدته خمس سنوات ، يزود الطالب بأحدث التطورات في الطبيعة الكيميائية للمواد ، التركيب الكيميائي ، الاستخدام العلاجي وتحليل العقاقير الطبيعية بهدف إعداد صيادلة ماهرين في المستقبل قادرين على تقديم خدمات صيدلانية مركزها المريض وتشمل الخدمات كل مايتعلق بمجال طب الأعشاب والمكملات الغذائية. كما يكرس برنامج الدراسات العليا لتدريب العلماء البارزين في علوم المنتجات الطبيعية ويهدف إلى المساهمة في بحوث الادوية العشبية متعددة الفعالية وتطويرها من المنتجات الطبيعية.
يضم القسم سبعة أعضاء من هيئة التدريس بما في ذلك أستاذ واحد وأستاذ مشارك وأستاذ مساعد ومحاضرين ، بالإضافة إلى اثنين من فنيي المختبر.
تشمل مرافق التدريس والبحث في القسم معدات مجهزة للقيام بالتجارب المعملية ذات الصلة بالتحقق من المركبات الطبيعية واستخدامها في اكتشاف الادوية العشبية ذات الاثر العلاجي الامثل.

الرؤية :

يتطلع قسم العقاقيرالطبيعية إلى التزامه بصناعة خريجين بمستوى عالي من الكفاءة  وتمليكهم المهارات المتقدمة وذلك بالتدريب المهني الكافي في مجال الأدوية الطبيعية لخدمة المجتمع السوداني وجعل هذه النخبة من الخريجين قادرة على التنافس إقليميا ودوليا وذلك بتحقيق منصب قيادي في مجال البحث عن الأدوية من مصادرها الطبيعية.

الرسالة :

إن قسم العقاقير الطبيعية مكرس بالكامل لتدريب الطلاب وفقًا لمعايير التعليم عالي الجودة مزودا بأحدث المعلومات العلمية مستندا الي التميز في البحث عن الموارد الطبيعية المحلية التي قد يكون لها دور في علاج الامراض. أيضا تحديد أساليب مراقبة الجودة لضمان صناعة المنتجات الوطنية من مواردها الطبيعية بالطرق القياسية بأمان وفعالية وجودة عالية.