تضم جامعة النيلين عددا من الكليات باقسامها وتخصصاتها المختلفة التي تمنح درجات علمية مختلفة، الدبلوم التقني، البكالريوس والدراسات العليا (ماجستير ودكتوراه)، تمنح جامعة النيلين عدداً من المنح الدراسية بمختلف أنواعها وفقاً للائحة أسس ومعايير الترشيح للمنح الدراسية وذلك لتقليص النقص الموجود في الفرص التعليمية من جهة، وتمكين من تعذر عليهم الحصول على هذه الفرصة من جهة أخرى.

• منح دراسية كاملة وهي تغطي نفقات الرسوم الدراسية وتكاليف المعيشة والتامين الصحي والسفر في أثناء فترة الدراسة.
• منح دراسية جزئية وهي عبارة عن إعانة مالية يستفيد منها الطلبة بهدف المساهمة في تحمل جزء من مصاريفهم الدراسية، و تغطي الرسوم الدراسية فقط.
• منح  دراسية داخلية وهي المنحة التي تقدمها الجامعة للطلاب  المقيمين في السودان وتشمل الإعفاء من الرسوم الدراسية فقط.
• منح دراسية خارجية وهي عبارة عن منحة  خارج السودان تقدمها الجامعة للطلاب المبدعين والمبتكرين في مجال العلوم التطبيقية والإنسانية، لتطوير أفكارهم ومخترعاتهم وتشمل الرسوم الدراسية والسكن الجامعي وتذاكر السفر .
• منحة الدراسات العليا هي المنحة المخصصة للطلاب الذين تميزوا بتفوقهم العلمي في خلال دراستهم الجامعية بالتخصصات التي يجب تشجيعها سعياً لتزويد الجامعات السودانية في مختلف قطاعات العلوم التطبيقية  والعلوم الإنسانية بالعناصر الباحثة لخدمة المجتمع.
• منحة تنافسية هي المنح التي يتقدم اليها الطلاب بناءاً علي الجدارة الأكاديمية، ويتم الإختيار بينهم بشكل تنافسي بناءاً على معدل الطالب الجامعي في حال كونه مقيداً في جامعة النيلين أو بحسب معدل الطالب في الشهادة السودانية في حال كان طالباً مستجداً.
• منح غير تنافسية هي المنحة التي يحصل عليها المستوفي عند إستكمال المستندات المطلوبة وفق الشروط المحددة لائحياً.
• منح إجتماعية  وهي المنح التي تشمل أبناء الشهداء و الأيتام وحفظة القرآن الكريم والمكفوفين والمعاقين بتصانيفهم المختلفة، والمفقودين والحالات الإجتماعية الخاصة.
• المنح الخاصة  التي تمنح علي أساس الحاجة للذين تحول ظروفهم المادية دون الحصول علي فرصة لإكمال تعليمهم الجامعي بالداخل وللسودانيين المعوزين المقيمين بالخارج  وللطلاب الوافدين ولرعاية الملكية الفكرية والكفاءات والمواهب.
• منحة الوافدين وهي تمنح للطلاب الأجانب الذين يحضرون إلى السودان بغرض الدراسة في الجامعة وعلى كفالتها وتشمل بعض المزايا الأخرى مثل السكن الجامعي وتذاكر السفر.
• منح دراسية قصيرةو هي منحة محدودة وتشمل الدورات التدريبية والبرامج قصيرة المدي.
• منحة الملكيـة الفكرية وهي تمنح  لرعاية الابداع والاختراع والاكتشاف في مجالات الأبحاث في العلوم الانسانية و التطبيقية لدى الطلاب بالجامعة.
• منحة الكفاءات والمــــواهب هي المنحة التي تقدمها الجامعة  لرعاية الأنشطة الثقافية والرياضية والإجتماعية وريادة الأعمال وتمنح للطلاب والمواهب.

يشمل نطاق تطبيق هذه المنح جميع العاملين بجامعة النيلين وطلابها والوافدين والشرائح المعنية بالمجتمع، على أن يكون المتقدم للمنحة مستوفياً للشروط والمعايير الموضوعة للبرنامج المحدد بالفترة الزمنية المعنية.

1. السعي لمساعدة الطلاب للحصول علي مؤهل علمي أكاديمي لأداء اكثر فعالية في مجتمعاتهم في التخصصات المختلفة التي تغطي احتياجات سوق العمل.
2. إستقطاب الطلاب المتفوقين والمتميزين أكاديمياً ورعاية الباحثين الشباب لإثراء البحث العلمي خدمةً للمجتمع.
3. رفع المستوى الثفافي وتوثيق الصلات بين الدول الشقيقة والصديقة.
4. دعم المنح الاجتماعية والطلاب المؤهلين والمحتاجين ومنسوبي الجامعة.
5. المساهمة في تعليم اللغة العربية للناطقين بغيرها.

1. تعبئة الإستمارة المعده لذلك يدوياً أو عن طريق موقع الجامعة عبر نافذة المنح الدراسية.
2. بعض أنواع المنح يتم تسمية الطلاب المرشحين من قبل كلياتهم وإداراتهم المختلفة.